Lembaga-Pendidikan ini berbentuk pondok atau yang lebih dikenal dengan pesantren yang artinya adalah tempat tinggalnya para santri, yaitu di mana komplek tempat-tempat kediaman para siswa dan pengasuh-pengasuhnya, tempat belajar dan beribadah, tempat-tempat berekreasi, berolah raga dan sebagainya, beserta segala alat perlengkapannya menyatu dalam suatu tata kelola kehidupan yang mengacu pada kehidupan pesantren Rasulullah di Madinah.
Pendidikan di Pondok Modern ar-Risalah mengutamakan pembinaan moral, atau yang lebih di kenal dengan pembentukan mental (character-building). Sedangkan penyelenggaraan pengajaran diselenggarakan menurut sistem sekolah yang modern, dengan menggunakan metodik dan didaktik modern, serta senantiasa memperhatikan perkembangan dalam sistem pendidikan dan pengajarannya.
Sedangkan yang dimaksud dengan modern adalah bukan ala budaya Barat tetapi modern yang selalu berorientasi kepada kehidupan di akhirat. Selain itu, yang dimaksud modern adalahl bukan pada pemahaman dalam soal keagamaan tetapi modern dalam koridor sistem penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran.