Paper atau yang lebih dikenal dengan karya ilmiyah merupakan salah satu tugas yang mesti dijalankan oleh Siswa Kelas Akhir KMI Pondok Modena r-Risalah. Adapun nilai filosofis dari karya ilmiyah adalah diharapkan agar santri mampu menuangkan gagasan-gagasan mereka dalam bentuk tulisan dan hal ini merupakan sebuah tradisi bagi Pesantren yang memang sejak dahulu kala terkenal dengan karya-karya tulis hebat yang ditulis oleh para santri.

Berangkat dari sini, maka KMI sebagai Panitia Penulisan Karya Ilmiyah Kelas Akhir terus bekerja keras untuk menyukseskan penulisan karya ilmiyah ini. Untuk menyamakan persepsi antar Pembimbing, pada tanggal 20 Maret 2010 diadakan pertemuan yang membahas tentang beberapa hal di antaranya adalah kaedah penerjemahan buku daftar pustaka dan catatan kaki ke dalam Bahasa Arab, pengumpulan terjemahan paper gelombang pertama dan gelombang kedua.