Untuk mengarahkan kehidupan santri di luar kelas, maka perlu adanya suatu lembaga  yang membimbing kehidupan santri secara total. Lembaga tersebut adalah Pengasuhan Santri. Pengasuhan Santri bertanggung jawab atas kehidupan santri selama dua puluh empat jam, keamanan, kenyamanan, kebersihan, kerapihan, disiplin, dan segala macam hal yang berkaitan dengan kehidupan santri. Untuk proses kaderisasi, Pengasuhan Santri tidak turun langsung menangani kehidupan santri, akan tetapi ada sebuah organisasi santri yang berfungsi membantu menjalankan pengarahan terhadap kehidupan santri dan organisasi pelajar tersebut bernama Organisasi Pelajar Pondok Modern.