Bermukim di dalam Pondok untuk santri kelas lima dan kelas enam adalah wajib. Maka, mereka pun tidak pulang atau liburan ke rumah seperti teman-temannya yang lain. Dengan berbagai perasaan dan pikiran, mereka pun mengikuti disiplin Pondok yang sudah baku.     Walaupun demikian, kewajiban bermukim untuk Kelas Lima dibuat untuk memberikan nilai pendidikan yang dapat mereka rasakan setelah mereka pulang ke kampung halaman mereka masing-masing. Di antara pelajaran itu adalah bahwa dengan kewajiban  bermukim, mereka dapat betul-betul merasakan latihan untuk lebih mandiri dalam rangka untuk bekal di hari depan. Meski demikian, tentunya bermukim di dalam Pondok bagi santri Kelas Lima mempunyai beberapa tantangan. Di antaranya adalah: keadaan di Pondok terasa lebih sepi dari hari biasanya karena seluruh santri pulang dan kegiatannya tidak sepadat ketika masuk kelas biasa, kebiasaan sahur dan buka bersama dengan kedua orang tua, dan yang lebih terasa adalah malam takbiran di Pondok bersama dengan teman-temannya dan Bapak Guru. Mungkin satu hal yang dirasa paling menyedihkan bagi santri yang bermukim adalah Hari Raya Idul Fitri yang biasanya mereka merayakannya di rumah dan sekarang mereka merayakannya di Pondok dengan berbagai macam aktifitas yang jauh dari keluarga dan handai taulan.